В начале 90-х стал лауреатом фестиваля «Оскольская Лира», и с тех пор был неизменным членом жюри (лауреатом фестиваля был Веня Д’ркин).
На протяжении 90-х и начала 2000-х годов считался одной из знаковых фигур в отечественной контркультуре. Взгляды Непомнящего говорят о нём как о разноросторонней и противоречивой личности, весьма показательно это на примере 4 альбомов 1999—2000 годов: патриотически пафосная и вдохновенная «Цепная реакция» (совместная запись с группой «Кранты»), романтичная и одновременно жизненная «Земляника», покаянно-успокоенное «Поражение» и полное житейской злобы «Зерно» с поразительно небольшим временным промежутком пополняли дискографию. Однако после перенесённой операции (с осени 2004) взгляды Непомнящего стали тяготеть в сторону христианского правоверия. Его перу принадлежат несколько песен, ставших манифестами современной православной молодёжи, статья «Православие и рок-музыка» (которую сам автор, впрочем, не считал удачной) стала важным аргументом в дискуссии о возможности диалога между рок-музыкантами и Церковью. После воцерковления поэта часть текстов (например «Ветхозаветная» из альбома «Темная сторона любви», где для описания отношения Бога к человеку использовалась обсценная лексика) были удалены из доступных к прослушиванию с сайта поэта.
С 2004 года Непомнящий страдал от глиобластомы — злокачественной опухолиголовного мозга. В Москве и других городах проходили благотворительные акции, на которых собирались деньги на лечение. Музыкант перенёс операцию в начале июня 2004 года; затем произошёл рецидив, и ещё одну операцию ему сделали 16 октября 2006 года.
Был отпет в храме г. Ковров двумя священниками и друзьями соборовавшими и причащавшими его перед смертью Димитрием Струевым (Липецк) и иереем-рокером Николаем Кокуриным (Дзержинск).
Андерсен, Ганс Христиан, Снежная Королева: Белым снегом била, все черное отмыла // Королева снежная — до кости, до души (Земляничные поляны), Вино из одуванчиков для Кая и Герды (От греха)
Брэдбери, Рэй, Вино из одуванчиков: Вино из одуванчиков для Кая и Герды (От греха)
Башлачев, Александр, В чистом поле дожди: Ах, если бы нашёлся мальчик за нас, гадов, воевать (Ад)
Блок, Александр Александрович, Двенадцать: Будет ветер на всем свете, двенадцать выйдут в наряд // Чтобы ваш дешевый рай превратился в ад (Бесплатно)
Добронравов, Николай Николаевич, И вновь продолжается бой: Так надо. И вновь продолжается бой // Так надо. Вселенский Октябрь впереди // И Солнышко-Спас такой молодой (Для всех и ни для кого)
Достоевский, Федор Михайлович, Братья Карамазовы: Прохожие видели вьюношу, По описаниям смутно похожего, То ль на Ермена, то ль на Лешу Карамазова (Всемирное государство)
Маркес, Габриэль Гарсия, Сто лет одиночества: …или сто лет одиночества // А ребёнка обглодали муравьи (История одного города), Синоптик ожидает над Макондо смерч (Песня о надписях на сараях)
Маяковский, Владимир Владимирович, Товарищу Нетте, пароходу и человеку: Им умирать, чтоб воплощаться в пароходы, наши строчки и другие описанья наших ран… (Инквизиция Любви)
Милн, Алан Александр, Винни-Пух: По периметру звездного поля // Бежит стремглав Пятачок // Несет подарок Иа — голубенький шарик // Нам знакомый, как планета Земля (Песня о надписях на сараях), …а Пятачка с Винни-Пыхом пустили в расход (Нофутуристический блюз), …а Хозяину за Пятачка за просто так, от души // ПО РОЖЕ (Господин-оформитель)
Михалков, Сергей Владимирович, Дядя Стёпа — милиционер: Дядя Стёпа постовой улетит на юг домой (День, когда мы все умрём)
Набоков, Владимир, Приглашение на казнь: В углу потолка нарисован паук (Приглашение на…)
Ницше, Фридрих, Для всех и ни для кого (Для всех и ни для кого)
Тимофеевский, Александр Павлович, Песенка крокодила Гены: Где чувак в голубом вертолете // Ждет дождичка, чтобы в четверг показать мне кино. (Дорога домой)